Retratando uma época muito rica em acontecimentos na sociedade feudal do japão, Samurai X traz a saga de Kenshin Himura, um guerreiro errante que se cansou de sua vida de crimes a serviço do Imperador e passou a buscar a paz interior. Mas Kenshin percebe que sua jornada não será nada fácil, já que livrar-se de certas correntes do passado não é tão simples.